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Chemical Detail
化合物と関連情報を出力
・構造の類似性によるターゲット予測が行えます。
化合物の特許、パスウェイ、Pharmacology、遺伝子、ADMEやToxicityアッセイ、Clinical Trial、Safety情報が参照できます。
【着目ポイント】
・疾患や遺伝子で、MoAとの関係を展開できます。
・SafetyでLiver Toxicity、Adverse Eventが展開できます。
利用できるクエリー
Query Type | Query |
|---|---|
Keyword | Chemical Name |
ID | CAS Number, LSKB Chem ID, LSKB Chem ID, PubChem CID, PubChem SID, DrugBank Accession, ZINC ID |
出力タブ
Summary
テキストマイニングによる 関連項目の文献件数、外部データソース(Database Reference)へのリンク
PDB
PDB ID/Title/Ligand/Source/Resolution、PDB詳細へのリンク
・PDBタブでは当該化合物が複合体形成リガンドとして含まれる結晶構造情報（PDB）が表示されます。
・PDB ID/Title/Ligand/Source/Resolutionのテーブルで纏められ、PDB IDをクリックすると 当該PDBの詳細情報ページ（PDB Detail）、ファイルの出力、関係サイトへのPDB関連リンクがあります。
Pharmacology
化合物の薬理作用、CYP酵素に対する影響、類縁化合物、塩の付加体、脱塩体、代謝物など関連化合物
Gene
関連遺伝子を表示
(Gene/Gene ID/Status/Gene Title/Organism/Assay Active/ Assay Probe/Array Exp/MoA/Reference)
Classification
MeSH の分類があれば その分類が表示されます。
Assay
Assay タブをクリックすると 以下4つの要素タブが表示されます。
Assays
Assays タブでは 当該化合物が搭載されたAssay情報がテーブル形式で表示されます。
テーブルには Assay Type/Act Outcome Method/Title/Protein/Relationship Type/Confidence Score/BAO Format/Activities数/化合物数/Detailsへのリンク が纏まっています。
Activities
Activitiesタブでは、Assayに付された化合物とその活性値情報をテーブル形式で纏めています。LSKB Chemical（構造）/Target/Activity Status/Activity Type/ Relation/Value/Units/pACT/Assay Value/Assay Type/Act Outcome Method/Title/PubMed/Comment が、纏っています。
・注) 件数の多い Activities情報はバッチ処理を行います。
OKを押して暫くお待ちください。終了後、テーブルが現れます。また、この結果は保持されるため 2回目以降は早く表示されます。
ADME
ADME タンパク質をターゲットにするAssay(Assay Type=ADME)を表示
Target/Protein/ Activity Status/Activity Type/ Relation/Value/Units/pACT/Assay Value/Assay Type/Act Outcome Method/Title/PubMed/Comment
ü 血中濃度情報は Blood Plasma Concentに切り替えることで表示されます。
ヒトへの血中濃度データ で血中濃度範囲（mg/l）とそのメジアンおよび 血中濃度を -log （Mol) 濃度で範囲、メジアンを 次の状態別に表示します。
Therapeutic(Normal)： 治療濃度
Toxic： 毒性発現濃度
Comatose Fatal： 致死濃度
Toxicity
Assay Type=ToxicityのAssay情報
Gene Expression
疾患に関する遺伝子発現実験（GEO/GDS Expression Atlas）を表示
ID/Title/Description/Organism/Chemical/Disease/Tissue/Detail
（共通テーブルビューアー）
Disease
Max Phase for indication/Clinical Trial/Therapeutic Target/GO/MoA数/GO-MoA/PDB/SRA/文献数（３つのレベル）/Homonym数/Disease Summary中のChemicalの記載/Chemical Summary中のDiseaseの記載
（共通テーブルビューアー）
Example
Drug to ADME (Blood concentration)
Rosiglitazoneのヒト血中濃度データを表示、Therapeutic Dose を 通常のmg/ml 単位に加え、活性値との比較が容易なモル換算し負の対数表示をした pConc.を搭載
Drug to Disease
Rosiglitazoneの関連疾患を MaxPhase, Clinical Trial数, TTD（Therapeutic Target DB）,GO， MoA, PDB, SRA（NGS情報）, ３つのレベルの文献マイニング情報でテーブル表示
Drug to Gene
Rosiglitazoneの関連遺伝子をアッセイでの活性情報、Probe、発現実験、MoA、文献情報でテーブル表示
Drug Summary
Rosiglitazoneのサマリーならびに、文献のテキストマイニングによる 関連項目の件数とリンクを表示します。
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