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Disease Detail
疾患と関連情報を出力
・疾患名から、さまざまな方法でターゲットやバイオマーカー、化合物を探索する仕組みを搭載しています。
・新しい標的の探索、バイオマーカー探索、GO-MoA解析によるターゲットや化合物探索が出来ます。
【コメント】
疾患とターゲットの関連付けは以下のデータソースをマイニングして作成しています。
・UniProt
・UniProt & OMIM
・UniProt & MeSH
・TTD
・ChEMBL
・Guide to Pharmacology
【着目ポイント】
・疾患からBERT NMLIを使ったバイオマーカーやターゲットとして報告のある着目遺伝子が探せます。
・疾患から見たターゲット遺伝子のGO、文献、MoA、アッセイの化合物情報などどを、有意性指標とともに探せます。
・GO-MoA分析で、機能に着目した方法で、バイオマーカーやターゲット、化合物を探せます。
利用できるクエリー
Query Type | Query |
|---|---|
Keyword | 疾患名 |
出力タブ
Summary
疾患のSummary
PubMed 共起文献のテキストマイニングによる関連情報のランキング
外部データソース(Database Reference)へのリンク
Therapeutic Target 表示
Annotation
・Synonym: Synonym名 /タームごとの文献数
・Phenotype: ３つのレベルでの文献テキストマイニングで求めたPhenotypeを表示
・Micro Organism: ３つのレベルでの文献テキストマイニングで求めたウィルス と細菌、ターゲット情報、アッセイ数を表示
・Pathway : 疾患に関連するPathway情報をテーブル表示
・Tissue: 疾患に関連する組織情報を共通テーブルビューアーで表示(文献数/ホモニム数/Array Exp/SRA/PDB/Array Express GO Gene数)
・SRA: 疾患に関連する次世代シーケンサー解析データSRA情報が表示されます
・GWAS Catalogue: テキストマイニングで求めたGWAS Catalogueの表示
Protein
疾患のターゲットタンパク質のクラスを開発状況とともに表示
ターゲット別に薬剤の/OMIM/MeSH/TTD ID/ChEMBL Target Detailを表示(more…)
・左側に当該疾患のターゲットタンパク質のクラスを開発状況（後期Phase4/3 および 早期 Phase2/1）の切り替えと疾患の開発状況の件数をスライドバーで調整し表示します。
・右側は ターゲット別に薬剤の開発状況（P-4/P-3/P-2/P-1）とOMIM/MeSH/TTD ID/ChEMBL Target/G2P（Guide To Pharmacology） の情報がまとまり、進行状況が高い順にテーブル出力されています。
Classification
疾患分類を表示、上位クラスでの解析が可能に
・Graphでは 疾患のMeSH Classificationを 表示
・Textでは MeSH および ICD10 のClass 分類を記載します。
Drug
疾患に関連するDrug情報表示
LSKBChemID/構造/分子量/Molecule Type/Max Phase /Withdrawn/ATC Class/Mechanism of Action/Action Type/Target/Clinical Trial/TTD/３つのレベルによるテキストマイニングの文献数/ホモニム数/GO/MoA/GO-MoA/疾患サマリーの化合物の記載/化合物サマリー中の疾患の記載
GO Ranking
GO-MoA によって解析した疾患に関連するGO（Biological Process）を表示。
Gene
GO（Biological Process）/ GO Term（Original）/HitしたGene数/ GOに含まれるGene数/p-Value/Reference/関連するMoA数/関連するDrug数/Considerable Drug数/関連遺伝子に対しての活性化合物数
SNPs（hg38）(hg19)
ClinVarとテキストマイニングで求めたSNPの表示
Ligand 情報は 変異から6A以内のリガンドを示す
Gene Expression
疾患に関する遺伝子発現実験（GEO/GDS Expression Atlas）を表示
ID/Title/Description/Organism/Chemical/Disease/Detail
Clinical Trial
疾患に関連する臨床試験（Clinical Trials.gov）のサマリー
GO-MoA
GO-MoA をもちいて、疾患に関連するGOの機能から、新しいターゲット遺伝子、新しいDrug の候補を探す機能。
着目した疾患関連GO（Biological Process）から、
1) その作用を有する遺伝子で、疾患ターゲットではない 遺伝子
2) その作用をもつMoA から、疾患に適応を持たない 薬剤をリストアップ
Example
ALSに関連するGene 一覧
ALSに関連するGene を取り纏め、関連文献、ホモニムの有無、Pathway、OMIM、MedGenへの記載、Gene RIFなどの項目から Confidence Scoreでランキングしてテーブル表示表示
ALSに関連するProtein情報
左はALSに対して臨床試験でP-2/1にある薬剤のターゲットタンパク質のクラスを表示、右は対応するタンパク質のリストをテーブル表示
ALSに関連するProtein一覧
ALSに対するターゲットタンパク質、作用様式と臨床試験の状態、OMIMやMedGen ターゲットのアサインをテーブル表示
ALSに関連するGene Expression情報
ALSに関連するGene Expression情報をGEO、Expression Atlasから取り纏めたテーブルで、サマリーには発現遺伝子のリストが取得できます。
ALSに関連するDrug 一覧
ALSに関連するDrug を取り纏め、分子量、Molecule Type、MoA、ターゲットに加えて臨床試験、文献情報、サマリーでの記述の有無などをテーブル表示しています。
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