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Gene Detail

遺伝子に関連する疾患、化合物、アッセイ、パスウェイ、組織別発現情報を参照できます。
・アッセイ情報による有意な化合物探索が出来ます。

【着目ポイント】
・疾患関連は、BERTで評価した関係性のクラス分類や、疾患との関連の強さを複数のデータベースを串刺しにして重みを考慮した疾患ランキングを表示します。
・化合物関連は、アッセイターゲットやMoA、ATC Classなど必要参照情報が一覧できます。

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利用できるクエリー
Query Type
Query
Keyword
Gene Symbol, Gene Name, Gene ID
出力タブ
Summary
GeneのSummary
PubMed 共起文献のテキストマイニングによる関連情報のランキング
外部データソース(Database Reference)へのリンク
Annotation
Synonym, mRNA, Ortholog, Gene Ontology, OMIM
・Synonym タブでは Gene Symbol/Gene Name/タームごとの文献数 がテーブルとして出力されます。
・ｍRNAタブでは当該Geneに関連する ｍRNAが Accession/Description/Link がテーブルとして出力されます。
・Orthologタブでは当該Gene のOrhtholog が表示されます。
・Gene Ontology タブでは当該Gene の Gene Ontologyが表示されます。
・OMIMタブでは 当該Gene の関連OMIM情報が表示されます。
Protein
Protein情報（UniProt RefSeq）の表示と詳細情報へのリンク
・当該遺伝子のProtein情報が UniProt RefSeq 別に 表示されます。
Disease
OMIM/MedGen/HPO（Human Phenotype Ontology）/Gene Expression/ GeneRIF//GeneRIF(Associations)/SNP(rsID)/文献数（３つのレベル）/Homonym数/Pathway/Therapeutic Target/Max Phase/Disease Summary中のGeneの記載/Confidence Score
・当該遺伝子の関連性に基づいて、疾患がランキングされてテーブル出力されます。
・その要素は、OMIM/MedGen/HPO（Human Phenotype Ontology）/Gene Expression/ GeneRIF/SNP(rsID)/文献数（３つのレベル）/Pathway/Therapeutic Target/Max PhaseでConfidence Scoreにより ランキングされます。
（共通テーブルビューアー）
Chemical
LSKBChemID/構造/分子量/Molecule Type/Active in Assay/Chemical Probe/Putative Target/Putative Target2/GeneExpression/MoA/ATC Class/Withdrawn/文献数/Homonym数
・当該遺伝子関連の化合物をLSKBChemID/構造/分子量/Molecule Type/Active in Assay/Chemical Probe/Putative Target/Putative Target2/GeneExpression/MoA/ATC Class/Withdrawn/文献数/Homonym数のテーブルで出力されます。
・各項目でFilterが可能です。
（共通テーブルビューアー）
PDB
結晶構造（PDB）が表示されます。PDB ID/Title/Ligand/Source/Resolutionと詳細情報へのリンク
・PDBタブでは当該遺伝子に紐づくタンパク質の結晶構造（PDB）が表示されます。PDB ID/Title/Ligand/Source/Resolutionのテーブルで纏められ、PDB IDをクリックすると 当該PDBの詳細情報ページ、ファイルの出力、関係サイトへのPDB関連リンクがあります。
・PDB関連リンク
Details：　PDB Details ページへ
Link to PDB: Protein Data Bank （外部）の Web サイトへ
Download PDB File：当該PDBファイルのダウンロード
Link to Binding DB：PDB Entryに 紐づく Binding DBサイトへ
Search UniProt Entry > LSKB：
Go To MOE：CCG社のMOEにより このPDB ファイルが開きます。
　※ MOEのライセンスと svlによる LSKBとの連携設定が必要です。
Pathway
NCBI Biosystems からのID/ DataSource/Name/ Descriptio/Organism/Taxonomy ID/ 各要素、Gene/Chemical/Protein/PubMedの数とリンクの表示
・関連Pathwayがテーブル形式で表示され、NCBI のBiosystems へのID/ DataSource/Name/ Description/Organism/Taxonomy ID/ 各要素（Gene/Chemical/Protein/PubMed）の数がテーブル形式で表示されます。
・Tissue Expression タブでは 当該遺伝子の標準発現組織の情報が、Graph と Spreadsheetを切り替えて見られます。Graphは クラス別の組織がグラフ化され、当社で解析した標準組織別の発現データと RefExが色分けされています。Spreadsheet ボタンを押すと発現が多い組織の順番（MaxRank）でテーブル表示されます。テーブルには Tissue/UniProt Comment/MaxValue/MaxRan/Graph/Gene Expression/３レベルのテキストマイニング/MeSH Treeが表示されます。また、Graph表示で 組織クラスをクリックすると、そのクラスに含まれる組織に絞ってテーブル形式で表示されます。
Tissue Expression
標準発現組織の情報の表示
標準組織別の発現データと RefExをグラフ表示
Tissue/UniProt Comment/MaxValue/MaxRan/Graph/Gene Expression/３レベルのテキストマイニング/MeSH Treeを詳細のテーブル表示
Assay
Assay情報の表示
Type/Act Outcome Method/Title/Protein/Relationship Typ/Confidence Score/BAO Format/Activities数/化合物数/Detailsへのリンク
・当該遺伝子ターゲットにするAssay情報がテーブル形式で表示されます。テーブルには Assay Type/Act Outcome Method/Title/Protein/Relationship Typ/Confidence Score/BAO Format/Activities数/化合物数/Detailsへのリンク が纏まっています。
Activities
化合物とその活性値情報の表示
LSKB Chemical（構造）/Target/Activity Status/Activity Type/ Relation/Value/Units/pACT/Assay Value/Assay Type/Act　Outcome Method/Title/PubMed/Comment
・Activitiesタブでは、Assayに付された化合物とその活性値情報をテーブル形式で纏めています。LSKB Chemical（構造）/Target/Activity Status/Activity Type/ Relation/Value/Units/pACT/Assay Value/Assay Type/Act　Outcome Method/Title/PubMed/Comment が、纏っています。
Gene Expression
変動した遺伝子しとして含まれる発現実験（GEO/GDS Expression Atlas）のリスト
・当該遺伝子が変動した遺伝子して含まれる発現実験（GEO/GDS Expression Atlas）がテーブル表示されます。ID/Title/Description/Organism/Chemical/Disease/Tissues/Detailへのリンクが纏まっています。
Example

Gene to Disease

Gene to Disease

遺伝子Rein の関連性に基づいて、疾患がランキングされてテーブル出力されます。
その要素は、OMIM/MedGen/HPO（Human Phenotype Ontology）/Gene Expression/ GeneRIF/SNP(rsID)/文献数（３つのレベル）/Pathway/Therapeutic Target/Max Phaseおよび、これらから算出したConfidence ScoreでこのConfidence Scoreにより ランキングされます。

Gene to Tissue Expression

Gene to Tissue Expression

標準組織別の発現データと RefExを組織クラス別にグラフ表示
発現組織はTissue/UniProt Comment/MaxValue/MaxRan/Graph/Gene Expression/３レベルのテキストマイニング/MeSH Treeを要素に詳細テーブルで表示

Gene to Activities

Gene to Activities

Assayで評価された化合物とその活性値情報をテーブル形式で纏めています。LSKB Chemical（構造）/Target/Activity Status/Activity Type/ Relation/Value/Units/pACT/Assay Value/Assay Type/Act　Outcome Method/Title/PubMed/Comment が、纏っています。

Gene Summary

Gene Summary

Summary/ Location/ Target Family/ と Ensamble などへの外部リンク、文献のテキストマイニングによる 関連項目の件数とリンクを表示します。

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