Target Detail
タンパク質の関連情報を検索、詳細情報へリンク
・Similar Proteinでターゲットの範囲を広げることが出来ます。
・ドメインやPDB。薬剤、疾患情報を参照できます。
【着目ポイント】
・幅広いキーワードで検索ができます。
・ChEMBL、BioAssayが同時に表示できます。
・Similar Proteinで、PoSSuM、BLAST、RPS-Blast、Delta-Blast、CD-Hitで評価したクエリーと類似タンパク質と共通活性化合物を探せます。
・ターゲット関連疾患はUMLSの疾患カテゴリーでまとめられ、疾患を簡単にグループ化できます。
利用できるクエリー
Query Type | Query |
|---|---|
Keyword | 遺伝子名 |
出力タブ
Basic
Target Type： 30種のTarget Typeから記載
Name：ターゲット名
Taxonomy： 生物種
以下 データソース、Target Typeにより記載項目が変更される。以下は 例
ChMEBL Target ID：
ChMEBL Preferred Name：
G2P Target ID：
Family
Annotation
Synonym, mRNA, Ortholog, Gene Ontology, OMIM
・Synonym タブでは Gene Symbol/Gene Name/タームごとの文献数 がテーブルとして出力されます。
・ｍRNAタブでは当該Geneに関連する ｍRNAが Accession/Description/Link がテーブルとして出力されます。
・Orthologタブでは当該Gene のOrhtholog が表示されます。
・Gene Ontology タブでは当該Gene の Gene Ontologyが表示されます。
・OMIMタブでは 当該Gene の関連OMIM情報が表示されます。
Protein
ターゲットのProtein情報（UniProt）の表示と詳細情報へのリンク
・Protein Name/ID/UniProt（Entry Name/Descriptionのテーブル表示。
Assays
当該ターゲットのアッセイ情報をリストアップ
・以下の要素で テーブル出力されます。
Assay Type/Act Outcome Method/Title /Target/Protein/Relationship Type/Confidence Score /BAO Format/# of Activities/# of Chemicals /Details
Activities
当該ターゲットのアッセイの個々の結果をリストアップ
・以下の要素で テーブル出力されます。
・LSKBChemID/構造/Assay Status/Active Type/Relation/Value/Units/pACT /Assay Values/Assay Type/ Act Outcome Method/Title /PubMed/Comment
Example
Assay Target's Assay Information
chymaseをアッセイターゲットにする アッセイ情報を、各アッセイの分類、Confidence Score、活性値、化合物数など テーブル表示
Assay Target's Activity Information
アッセイに紐づいたターゲットchymaseの詳細で 評価された化合物とその活性値 コメント、文献情報をテーブル表示
Target Search to Assay Target
chymaseの名前を含むアッセイターゲットがそのTarget Type、タンパク質とともに表示され、ターゲット の名前のクリックによりターゲットの詳細、活性化合物などの情報を取得できます。
Target Search to Protein with Assay & MoA
chymaseの名前を含むタンパク質候補をアッセイのターゲット情報、MoAとともに表示、Entry Nameのクリックにより Protein Detailが表示され、さらにタンパク質とさまざまな関連情報を取得できます。
Target Search to Gene
chymaseの名前を含む遺伝子候補を一致度の高いもの、Humanを上位に表示、Gene SymbolのクリックによりGene Detailが表示、さらに遺伝子とさまざまな関連情報を取得できます。
Target Search to EC
chymaseのECクラスを表示、酵素のクラス（EC）詳細で同一クラスのタンパク質のリストとその解析につながる。