Workflow で利用できるパーツ

Load text file containing Gene/Protein identifiers

Gene/Protein IDのロードを行う

Load text file contaiing compound structures

SDファイル、SMILESファイルの内容を取り込む

Seek Gene/Protein by identifier(s)

遺伝子やタンパク質リストの入力

Seek Gene/Protein by category associated

タンパク質を機能カテゴリから取得

Seek Gene/Protein by EC number

タンパク質をEC番号から取得

Seek Gene/Protein by PDB IDs

タンパク質をPDBIDで取得

Seek Gene/Protein by arbitrary keyword(s)

遺伝子やタンパク質を任意のキーワードで取得

Seek Assay Targets by TaxID

TaxIDでのデータフィルター

Search similar proteins found by Blast,DeltaBlast and RPS-Blast

Blast結果を参照しての類似蛋白質検索

Search similar proteins found by both Blast and Possum

Possum/CDHitおよびBlast結果掲載の類似蛋白質検索

Replace protein list as, holding similar proteins

類似蛋白質一覧の遺伝子・蛋白質一覧表への移動

Seek Compounds by structure search

構造検索で化合物を取得

Seek Compounds by LSKB ChemID

LSKB ChemIDで化合物を取得

Seek Compounds by Patent ID

特許番号を利用して化合物を取得

Seek Compounds by Compounds currently held

前プロセスの化合物リストからの構造検索

Seek Compounds by MoA/function associated

MoAやケモタイプ、作用などの機能用語から化合物を検索

Retrieve protein-ligand Pairs, by Action Type

化合物Action Typeからタンパク質・化合物の組み合わせを作成

Retrieve PDB entries associated with protein(s)

Workflowで保持しているタンパク質に対応するPDB情報を一覧表形式で出力

Retrieve PDB ligands associated with PDBIDs

Workflowで保持しているPDBIDに対応するPDB結晶構造中のリガンド分子を収集

Get Disease/Chemical/Function association by compound identifier

化合物情報から関連する疾患および疾患に関連するタンパク質の情報を、Function Term辞書を利用して収集

Retrieve activities from LSKB integrated assay dataset

遺伝子・タンパク質情報もしくは化合物情報から関連する活性データを収集する

Retrieve compounds in assay, taken from LSKB integrated assay data

Workflow中の活性値情報に紐づく化合物一覧表を作成する

Target prediction using compounds in workflow, using LSKB integrated assay data

活性値一覧表のSimilarityと活性データを整理して、検索クエリ化合物の活性ターゲットを予測する

Add safety flags for proteins rereieved

安全性・副作用関連蛋白質に該当するか否かをTRUE/FALSEで示す列を追加

Get PubChem BioAssay brief(by Gene)

PubChem BioAssay掲載の活性情報件数を表に追加

Get ChEMBL Assay brief(by Protein)

ChEMBL掲載の活性情報件数を表に追加

Get PDB information(by Protein)

PDB情報を表に追加

Get PFAM information(by Protein)

PFAM Domain情報を表に追加

Get GO terms(by Gene)

GO termを表に追加

Get Disease list(by Gene)

Disease/Pathway/Reference情報を表に追加

Get SNPs information

Get GO summary by GeneID

GO term一覧表を作成

Get PATHWAY summary by GeneID

Pathway情報を表に追加

Get DISEASE summary by GeneID

疾患情報一覧表を作成

Get Disease summary by compound identifier

Retrieve molecular properties

各分子のプロパティ値を追加

Retrieve molecular connectivity indexes

各分子のConnectivity Index値を追加

Retrieve assay attributes

化合物一覧表に各分子に紐づいているAssayのタイプを概略的に表示する

Retrieve ChEBI annotations

化合物一覧表に、ChEBIから収集したアノテーションを格納した列を追加する

Retrieve MeSH tree

化合物一覧表に、MeSH Treeの情報を追加する

Retrieve molecular functions

化合物一覧表に、Molecular Functionの情報を追加する

Filter

フィルタ操作

Generate SDF

保持している化合物をSDファイルとして出力

Generate TSV file, for ElpisMap/scatterPlot application

保持している活性値データ等をタブ区切りファイルとして出力